Comme dit plus haut, dès la construction du monastère, les moines bâtirent sur l’ancienne basilique établie au bord de la Vienne, une église abbatiale avec les pierres extraites du coteau situé rive gauche de la Vienne. (voir création de l’abbaye).

On n’a aucune représentation de cette première abbatiale consacrée en 1032 par Arnoul, archevêque de Tours, et dédicacée selon dom Cosson en mémoire de tous les Saints. Toutefois, des restes de cette époque peuvent nous donner une idée de la qualité de l’architecture qu’on trouvait déjà en ce XIe siècle, comme le porche nord de l’église Saint Gilles à L’Île-Bouchard (Photo ci-contre)

Porche Nord de l'église Saint Gilles à l'Ile Bouchard réputée du 11e siècle.
Collégiale Saint Martin de Candes

Gravement endommagée par les guerres des petits seigneurs locaux, nous dit l’abbé Chevalier, il fallut souvent réparer cette abbatiale. Ainsi au cours du XIIe siècle, on reconstruisit une nef et des chapelles avec des arceaux en ogive, des colonnes élancées et des chapiteaux à feuillage. On édifia un grand clocher avec deux tours carrées et un petit clocher au-dessus du transept.

Ce style que l’abbé Bourassé qualifie de militaire n’est pas le seul de la région et on retrouve exactement cette même disposition à la collégiale de Candes-Saint-Martin. 

Le 24 avril 1176, Barthélémy, archevêque de Tours vînt à Noyers pour consacrer ce nouvel édifice qui vécut, avec quelques vicissitudes jusqu’à 1836. 

En 1513, la foudre abattit une partie du petit clocher. L’abbé Jacques de Maumy fit reconstruire un nouveau chœur avec des voûtes tenues par six piliers et un petit clocher identique au précédent dans lequel on mit deux cloches.

Enfin, il fit poser soixante-quatre stalles en bois, construites avec un art remarquable disent les textes.

Dans une église, le jubé est une tribune formant une clôture de pierre ou de bois séparant le chœur liturgique de la nef. Jubé de la chapelle Saint Fiacre du Faouët. Photo Wikipédia.

Son frère, François de Mauny, qui lui succéda en 1542, fit mettre à l’entrée du chœur un splendide jubé ciselé avec art dans le gout Renaissance, ouvrage d’une belle facture et d’une exécution très délicate, nous dit l’abbé Chevalier.
Il était orné d’un grand crucifix et de l’image des quatre évangélistes qui portaient les armes de François de Mauny. 
En plusieurs endroits, on y voyait d’autres armes : un des écus des de la Marche d’Aigremont et un autre du Fou du Vigean.
Un autre écu portait quatre écussons accolés, au 1 celui de la Marche d’Aigremont, au 3 de Mauny, au 4 du Fou du Vigean et au 2 de l’abbé Maurice de Parthenay.

Essai de localisation des différents autels telle que décrite dans les différents manuscrits

Avant d’entrer dans la congrégation de Saint Maur en 1659, (voir chapitre abbaye au 17e siècle) la congrégation envoya à Noyers dom Denis Plouvier pour dresser un état des lieux et un plan coté, ce qui nous permet d’avoir aujourd’hui le descriptif précis de l’abbatiale.

D’autres moines, dom Gérard et dom Cosson, vinrent aussi pour écrire à partir du chartrier l’histoire de l’abbaye, nous laissant ainsi de nombreux détails fort intéressants comme la répartition des autels de l’église :
-vers l’Est, l’oratoire de la Bienheureuse Vierge Mère de Dieu,
-le maître-autel est placé dans la plus haute partie Est, en son milieu, élevé dans une tour d’argent, on trouve un ciboire.
-sous ce même autel principal est élevé dans une crypte l’autel de la Bienheureuse Marie.
-dans la partie Sud, par rapport à l’autel principal est situé l’oratoire de saint André,
-plus bas, l’autel de saint Martin.
-sous les ambons l’autel de sainte Anne.
-dans la nef, l’autel de saint Fiacre et celui de sainte Radegonde.
Au Nord, dans les susdits ordres et emplacements :
-l’oratoire du Saint Père Benoît.
-celui de sainte Austreberte, vierge.
-encore un oratoire avec la vénérable image de la bienheureuse Marie, Vierge et Mère de Dieu sous l’ambon,
– face à l’autel de saint Pierre, apôtre, celui des saints Côme et Damien, martyrs.
-et en dernier, l’autel de saint Antoine, confesseur, père des moines d’Orient.

Cette église abbatiale, à l’exception des créneaux détruits en 1704, aurait pu parvenir intacte à la Révolution si une partie de la voûte ne s’était brusquement effondrée en 1770.
Au fil des siècles, la Vienne avait fait son œuvre sur les fondations, malgré la consolidation faite avec sept colonnes de pierre vers 1764.
Les travaux de réparations furent faits avec parcimonie et c’est une église réduite à 17 toises de longueur  sur 7 ½  de largeur (33.15m sur 13.65m) dont fait état l’expertise des biens nationaux le 20 janvier 1791. Il ne restait plus que 28 stalles.

Les pierres de l’abbatiale, après avoir failli servir pour la construction du pont de l’Île-Bouchard finirent comme carrière de pierre, ayant été vendue en 1836 à un maçon, Jacques Marchan, qui démolit peu à peu l’édifice.

En dehors des pierres de réemploi qu’on trouve, çà et là, dans les murs de Noyers ou de Nouâtre, les seules traces aujourd’hui visibles de l’abbatiale sont les deux petits piliers se trouvant au bout de la rue de l’abbaye sans aucun doute, des restes des deux piliers du porche.